Pôle biopathologie : Laboratoire de Microbiologie (Bactérie, Virologie, Parasitologie-Mycologie)
Publié le – Mis à jour le
Coordonnées du service
Dr Jérôme Guinard
Point rouge – 3e étage
Adresse : 14 avenue de l'hôpital, 45100, Orléans
Présentation du service
Le laboratoire réalise un large panel d’analyses microbiologiques :
- Soit de manière directe : Recherche de pathogènes par mise en culture, détection d’antigènes ou identification moléculaire.
- Soit de manière indirecte : Etude de la réponse immunitaire après une exposition à un agent infectieux ou à un vaccin (sérologie avec recherche d’anticorps, détection de la production d’interféron gamma par Quantiféron).
Le laboratoire accueille des internes de DES de Biologie Médicale (formation théorique et pratique en phase socle, approfondissement et docteur junior), des externes en Médecine et des étudiants de DFGSM3 lors des stages médico-techniques. Il participe aussi à la formation des étudiants en écoles de laboratoire par l’encadrement lors des stages.
Les biologistes travaillent en lien étroit avec les services de soins et participent activement aux réunions de concertations pluridisciplinaires, aux alertes sanitaires, et à la surveillance épidémiologique.
Ils travaillent en interaction avec les différents CNR et participent à la veille épidémiologique des infections invasives à Streptococcus pneumoniae dans le cadre de l’Observatoire Régional du Pneumocoque, au Groupe de Microbiologie Clinique (GMC), aux réseaux de surveillance des infections à Entérovirus, des infections fongiques invasives, des infections sexuellement transmissibles, de la coqueluche et des autres infections respiratoires. Ils participent également aux travaux des réseaux de virologues de l’ANRS-MIE.
L’ensemble des informations concernant les examens réalisés (modalités de prélèvement, délais de rendu, conditions de conservation…) est disponible dans notre référentiel d’analyses consultable en ligne : référentiel des analyses du CHU d’Orléans
Le laboratoire est ouvert 24h/24, 7j/7 pour assurer la continuité des soins. Le laboratoire assure la prise en charge biologique des urgences en bactériologie, des accidents d’exposition au sang (AES), des urgences en virologie (suspicion d’encéphalite herpétique…) et la recherche de paludisme.
Le laboratoire bénéficie de technologies modernes, performantes et diversifiées. Les biologistes évaluent régulièrement les nouvelles techniques et automates dans chacun des secteurs d’activité.
Les activités principales du laboratoire sont les suivantes :
Bactériologie
Les activités de Bactériologie générale sont réparties en 3 secteurs principaux
- Pédiatrie / Maternité / Gériatrie / Prélèvements réalisés au CH de Pithiviers…
- Urgences / Réanimations / Chirurgie digestives / Neurochirurgie…
- Infectiologie / Orthopédie / Rhumatologie / Prélèvements externes en provenance des centres de prélèvement du CHUO…
Les analyses bactériologiques sont réalisées sur tout type de prélèvements et prises en charge de manière continue. La mise en culture est automatisée pour la majorité des prélèvements sur un ensemenceur automatique de géloses (InoqulA, BD). Des colorateurs automatisés de lames sont utilisés (Colorations Gram et MGG – Aerospray – Elitech). Les cytologies urinaires sont réalisées sur l’automate UF-4000 (Sysmex).
Le laboratoire assure également la qualification bactériologique des prélèvements du lactarium, des produits sanguins labiles (PSL) lors d’incidents transfusionnel ainsi que des prélèvements de sperme dans le cadre de l’AMP.
Le diagnostic moléculaire d’urgence / confirmation est proposé par le laboratoire et ouvert à la permanence des soins : Panels multiplex « encéphalites », « infections respiratoires » (Filmarray, Biomérieux). D’autres techniques de biologie moléculaire sont réalisées pour les IST notamment, et des développements basés sur le séquençage à haut débit sont en cours.
Les cultures bactériennes sont analysées 7 jours/7 pour l’ensemble des prélèvements. Les identifications bactériennes sont réalisées par spectromètre de masse (MaldiTof Sirius – Bruker). Les antibiogrammes sont réalisés de manière automatisée en milieu liquide (Vitek 2 – Biomérieux) et par diffusion en milieu gélosé (Orion – I2A). Le laboratoire est doté de la technologie infra rouge (IR -Biotyper, Bruker) permettant de faire en temps réel la comparaison de souches et d’interagir avec le service de prévention des risques infectieux.
Les recherches de Mycobactéries sont réalisées dans le secteur P3 du laboratoire. Après examen direct (coloration auramine), les mises en cultures sont réalisées (cultures solides et cultures liquides automatisées sur automate MGIT – BD). Les identifications des Mycobactéries sont effectuées par spectrométrie de masse. Le laboratoire dispose d’un automate Genexpert – Cepheid pour la réalisation des PCR complex tuberculosis et la détection moléculaire de la résistance à la rifampicine.
Le secteur P3 du laboratoire permet également la manipulation d’autres agents pathogènes de classe 3. Le CHU ORLEANS est l’Etablissement de Santé de Référence de la Région Centre val de Loire pour le Risque Epidémique et Biologique (ESRR-REB) depuis Janvier 2024.
Les sérologies sont réalisées sur une chaîne automatisée.
Virologie
Le laboratoire de virologie est spécialisé dans le diagnostic, le suivi thérapeutique et la prévention des infections virales :
- VIH, hépatites virales et infections sexuellement transmissibles,
- Virus respiratoires et entériques,
- Virus neurotropes,
- Virus des personnes immunodéprimées,
- Virus transmissibles pendant la grossesse,
- Virus émergents.
Différentes analyses de biologie moléculaire sont réalisées : PCR – RT-PCR simplex, panels multiplex pour le dépistage des IST, des infections respiratoires et des infections gastro-intestinales, génotypage de résistance aux traitements antiviraux, quantification d’ADN VIH pour le diagnostic des nourrissons de mère infectée par le VIH et le suivi spécialisé des personnes vivant avec le VIH.
Ces différentes analyses sont réalisées sur les automates Cobas 5800 (Roche), Ingenius (Elitech), Panther (Hologic), Nimbus CFX96 (Eurobio), QS5 (Thermofisher), Séquenceur Seq Studio (Applied)
Le laboratoire coordonne les analyses de biologie délocalisée aux urgences pédiatriques et adultes pour les panels multiplex respiratoires.
Des techniques de séquençage à haut débit sont aussi en développement.
Le laboratoire réalise de nombreuses sérologies de dépistage et de confirmation par techniques ELISA, Chimioluminescence, Western-blot et Immunoblot.
Les sérologies de dépistage sont notamment réalisées sur les automates Architect (Abbott), Liaison XL (Diasorin), Virclia (Eurobio), Vidas (Biomérieux) et Gemini (Launch).
Parasitologie – Mycologie
Les analyses parasitologiques et mycologiques sont réalisées sur un large panel de prélèvements.
Les identifications des champignons filamenteux sont effectuées par observation macroscopique et microscopique des cultures et complétées par spectrométrie de masse (MaldiTof Sirius – Bruker). En cas d’indication, le laboratoire réalise les antifongigrammes sur levures et champignons filamenteux.
Un des centres de prélèvement du CHUO se trouve à côté des laboratoires. Des créneaux de prélèvements sont ouverts à tous les patients extérieurs au CHUO sur rendez-vous (pour tous les types de prélèvements comprenant le diagnostic mycologique).
Des techniques de sérologies et des analyses moléculaires fungiques et parasitaires sont également réalisées au laboratoire.
Informations utiles pour le patient
Le laboratoire fonctionne 24h/24 7jours/7.
Pour la réalisation des prises de sang et autres prélèvements se référer à la fiche du centre de prélèvement.
Recherche
Les microbiologistes du service développent des activités de recherche clinique, translationnelle et fondamentale, en lien avec le Laboratoire Interdisciplinaire pour l’Innovation et la Recherche en Santé d’Orléans de l’Université d’Orléans.